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JAMMA 규격과 MVS 규격은 약간의 차이가 있는데 위 비교 그림을 보면 알 수 있듯이 11번, 26번 단자에 살짝 차이가 있다.

MVS에서는 스테레오 출력을 위해 11번 단자가 양면으로 각각 L , R 출력으로 배정되어 있으며 (JAMMA는 기본적으로 모노 출력이다.) 여러 슬롯을 사용하는 메인보드를 위한 게임 선택 버튼이 26번 단자에 할당되어 있다. 이 11번 단자에서 오는 차이 때문에 일반 MVS 전용 캐비넷에서 JAMMA 기판을 사용시 약간의 오작동이 발생할 수 있다.